TP Cần Thơ hiện có 6 Khu công nghiệp (KCN) tập trung đang hoạt động và 2 KCN đang quy hoạch. Đến nay, các KCN có 220 dự án còn hiệu lực (trong đó 208 dự án đang hoạt động, 6 dự án đang xây dựng, 6 dự án chưa triển khai), thuê trên 326ha đất công nghiệp, với tổng vốn đầu tư đăng ký 1,575 tỉ USD; vốn đầu tư đã thực hiện chiếm 58,97% tổng vốn đầu tư đăng ký. Năm 2016, tổng doanh thu các doanh nghiệp (DN) đang hoạt động trong các KCN đạt 1.595 triệu USD, tăng 2% so với cùng kỳ năm 2015. Các DN đang hoạt động đã góp phần giải quyết việc làm cho 30.986 lao động. Mặc dù có sự chuyển biến tích cực trong thu hút đầu tư, nhưng các KCN Cần Thơ hiện chưa có ngành công nghiệp mũi nhọn, công nghệ cao, chưa có nhà đầu tư quy mô lớn. Theo Ban Quản lý các khu chế xuất và Công nghiệp Cần Thơ (BQL KCX&CN), một trong những nguyên nhân ảnh hưởng là do cơ chế chính sách thu hút chưa hấp dẫn các nhà đầu tư, giá cho thuê lại đất cao gấp 2 đến 3 lần so với các tỉnh Hậu Giang, Vĩnh Long, An Giang,…

Thêm vào đó, mời gọi đầu tư hạ tầng KCN gặp rất nhiều khó khăn. Hiện có 6 đơn vị kinh doanh hạ tầng KCN với quy mô diện tích từng khu theo quy hoạch. Các DN này hoạt động theo Luật DN (trừ Trung tâm Xây dựng hạ tầng KCN Thốt Nốt hoạt động theo hình thức đơn vị sự nghiệp trực thuộc BQL KCX&CN) nên việc tính giá đất cho thuê trên cơ sở giá đất, các chỉ tiêu liên quan do UBND thành phố quy định và các chi phí về bồi thường hỗ trợ tái định cư, chi phí đầu tư… Vì vậy, BQL KCX&CN không có quyền can thiệp vào việc xác định giá cho thuê đất nên khó khăn trong công tác thu hút nhà đầu tư mới. Công tác giải phóng mặt bằng, xây dựng cơ sở hạ tầng KCN chưa được đồng bộ, chưa đáp ứng nhu cầu đầu tư của các DN trong và ngoài nước do một số chủ đầu tư kinh doanh hạ tầng không đủ năng lực tài chính. Đó là chưa kể đến vấn đề xử lý nước thải trong các KCN; xây dựng nhà ở cho công nhân, tái định cư cho người dân bị ảnh hưởng bởi dự án cũng gặp rất nhiều khó khăn. Một số quy định về chức năng nhiệm vụ của BQL KCX&CN trong lĩnh vực môi trường, đầu tư, xây dựng,… của Trung ương cũng gây nhiều trở ngại cho BQL KCX&CN trong công tác quản lý và thực hiện nhiệm vụ trong KCN.

Trong 6 KCN đang hoạt động, KCN Trà Nóc 1 (135ha) đã lấp đầy 100% diện tích đất công nghiệp; KCN Trà Nóc 2 (157ha) lấp đầy 96,5% diện tích đất công nghiệp; KCN Thốt Nốt- Giai đoạn 1, 2 và 3 (diện tích 104,3ha) lấp đầy 65% diện tích đất công nghiệp. Còn KCN Hưng Phú 1 (262ha) chậm tiến độ, nên UBND thành phố quyết định thu hồi 110ha đất từ Công ty cổ phần KCN Sài Gòn - Cần Thơ giao cho Quỹ Đầu tư và Phát triển thành phố làm chủ đầu tư và đang triển khai quy hoạch, tiến hành kiểm đếm, bồi hoàn, giải phóng mặt bằng, hỗ trợ tái định cư và xây dựng cơ sở hạ tầng giai đoạn 1 là 45ha. KCN BMC-Hưng Phú 2A (134,34ha) mới lấp đầy 13,39% diện tích đất công nghiệp, do chủ đầu tư là Công ty TNHH MTV Vật liệu xây dựng và Xây lắp thương mại BMC tự thỏa thuận giải phóng mặt bằng từng thửa đất không liền kề của người dân, nên tiến độ rất chậm. KCN Hưng Phú 2B (67ha), Công ty TNHH TaeKwang Cần Thơ đang đầu tư xây dựng nhà máy sản xuất bán thành phẩm giày thể thao, với diện tích 62,2 ha, hiện công ty đã bồi hoàn được 28 ha/62,2ha… Để thu hút đầu tư có hiệu quả, các đơn vị kinh doanh hạ tầng KCN rất cần sự hỗ trợ từ Trung ương và địa phương, đặc biệt là chính sách thuế, tiếp cận vốn ngân hàng… để giải phóng mặt bằng, đầu tư kết cấu hạ tầng KCN, tạo đất sạch cho DN.