Giai đoạn 2016-2020:
- Về đường bộ dự kiến có 55 dự án; trong đó, quan trọng nhất là hoàn thiện 5 trục dọc qua vùng (tuyến N1, N2, quốc lộ 1, cao tốc TP Hồ Chí Minh-Cần Thơ-Cà Mau, hành lang ven biển); hoàn thành việc đầu tư nâng cấp các tuyến trục ngang (các tuyến quốc lộ: 30, 53, 54, 57, 61, 62, 63, 80, 91) đạt chuẩn đường cấp III quy mô 2 làn xe, hoàn thành xây dựng các cầu lớn (Vàm Cống, Cao Lãnh, Đại Ngãi và Rạch Miễu 2) và từng bước nâng cấp các cầu yếu trên quốc lộ.
- Về đường thủy nội địa, phát huy hiệu quả các dự án WB5, tiếp tục nâng cấp các tuyến vận tải thủy hiện có để đảm bảo các tiêu chuẩn kỹ thuật, từng bước giải quyết xử lý các cầu tĩnh không thấp ảnh hưởng đến hoạt động vận tải thủy nội địa trên các tuyến sông và kênh chính trong vùng.
- Về đường biển, hoàn thành dự án luồng vào cảng sông Hậu; nâng cấp cụm cảng Cái Cui thành cảng tổng hợp quốc gia; xây dựng cảng chuyên dùng nhập than cho các nhà máy nhiệt điện trong vùng; tiếp tục đầu tư nâng cấp hệ thống cảng và luồng tạo một cách đồng bộ và đáp ứng yêu cầu vận tải vùng.
- Về hàng không, tiếp tục đầu tư nâng cấp để nâng cao năng lực và chất lượng phục vụ, đáp ứng nhu cầu tăng trưởng hành khách tại Cảng Hàng không Quốc tế Cần Thơ, Cảng Hàng không Quốc tế Phú Quốc, Cảng Hàng không Rạch Giá, Cảng Hàng không Cà Mau.
- Về đường sắt, tiến hàng nghiên cứu và tìm nguồn vốn đầu tư tuyến TP Hồ Chí Minh đi Mỹ Tho, Cần Thơ vào thời điểm thích hợp...
