Theo Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam, trong tháng 4-2009, nước mặn với độ mặn cao nhất trong năm 2009 (từ 4 – 33 phần ngàn) sẽ xâm nhập vào đất liền từ 10 – 70 km tại lưu vực các sông Cửa Tiểu, Cửa Đại, Hàm Luông, Cổ Chiên, Cung hầu, Trần Đề (thuộc hệ thống sông Mê Công) và sông Ông Đốc, Cái Lớn, ảnh hưởng trực tiếp đến sản xuất, đời sống của dân cư tại 61 xã thuộc các tỉnh Long An, Tiền Giang, Bến Tre, Trà Vinh, Vĩnh Long, Sóc Trăng, Kiên Giang, Cà Mau, Hậu Giang.

Do mùa mưa năm nay kết thúc trễ, có nhiều đợt mưa trái mùa cùng với hiện tượng La Nina đang trở lại nên tình hình khô hạn năm nay ở các tỉnh Nam bộ cũng như ĐBSCL không gay gắt như mọi năm. Theo Đài Khí tượng thủy văn khu vực Nam bộ, đỉnh điểm mùa khô năm nay rơi vào tháng 3 đến giữa tháng 4-2009, cuối đợt khô sẽ xuất hiện mưa chuyển mùa. Vì vậy, các tỉnh ĐBSCL cần kiểm tra lại nguồn nước thực tế ở các sông, ao hồ và nguồn nước ngầm hiện có của từng khu vực để điều chỉnh mùa vụ, cơ cấu cây trồng, vật nuôi phù hợp; lập phương án phòng ngừa thiếu nước ngọt trên từng địa bàn.

Mùa khô năm 2008, ĐBSCL bị nước mặn xâm nhập sâu vào nội địa gần 65 km. Cộng với tình trạng khô hạn đã làm cho nhiều địa phương thuộc các tỉnh Tiền Giang, Kiên Giang, An Giang, Bến Tre, Cà Mau thiếu nghiêm trọng nước ngọt phục vụ sản xuất, sinh hoạt.