Bên cạnh những kết quả tích cực, do nguyên nhân chủ quan, lẫn khách quan, trong quá trình hoạt động của HĐND thành phố nhiệm kỳ 2011-2016 vẫn còn một số hạn chế nhất định. Cụ thể như:

- Nhân sự tham mưu, phục vụ cho hoạt động của HĐND, Thường trực HĐND, các Ban của HĐND, đại biểu HĐND thành phố còn ít nên trong quá trình hoạt động còn gặp nhiều khó khăn; đôi lúc còn bị động. Từ đó, ảnh hưởng đến chất lượng, hiệu quả trong công tác tham mưu, phục vụ cho hoạt động của HĐND, Thường trực HĐND, các Ban của HĐND, đại biểu HĐND thành phố.

- Mặc dù có sự chủ động trong công tác thẩm tra, nhưng các Ban của HĐND thành phố vẫn còn bị động về thời gian trong việc thẩm tra các nội dung tại kỳ họp HĐND, nhất là các nội dung có liên quan đến lĩnh vực kinh tế tại các kỳ họp thường lệ cuối năm (như dự toán thu-chi ngân sách hằng năm). Nguyên nhân là do các sở, ngành thành phố xây dựng nội dung này phải chờ các văn bản chỉ đạo của các bộ, ngành Trung ương…

- Do đa số đại biểu HĐND thành phố hoạt động kiêm nhiệm (chiếm tỷ lệ 77,36% tổng số đại biểu HĐND thành phố nhiệm kỳ 2011-2016) nên thời gian dành cho việc nghiên cứu các văn bản có liên quan chưa nhiều; tỷ lệ đại biểu tham gia các hoạt động của HĐND thành phố, hoạt động của Tổ đại biểu HĐND thành phố chưa đảm bảo; việc tổ chức họp lệ của một số Tổ đại biểu chưa được duy trì thường xuyên theo quy định;…

- Bên cạnh đó, theo Nghị quyết số 545/2007/NQ-UBTVQH12 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội khóa XII, Văn phòng Đoàn đại biểu Quốc hội và HĐND cấp tỉnh "là cơ quan giúp việc của Đoàn đại biểu Quốc hội và HĐND cấp tỉnh", nhưng chưa có quy định rõ về vị trí pháp lý của Văn phòng. Do đó, Văn phòng còn gặp nhiều khó khăn trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, nhất là trong công tác phối hợp với các cơ quan quản lý nhà nước cấp thành phố và một số cơ quan của Trung ương đóng trên địa bàn thành phố;…